故事舞台在日本，背景是游戏王GX十年后，加入同调召唤和超量召唤。来自羽龙世家的大少爷羽龙游野因为受够了家族的强硬，便和因为讨厌父亲专制而不能和喜欢的女生在一起的飞宇全一起前往决斗学院。两人舍弃了原本的卡组，拿着廉价的卡组便前往决斗学院。在那里他们各自改名为游野麒安和源永全。